A budapesti ülést a korelnökök vezetik, vagyis a zsinat legidősebb lelkészi és világi tagja. A zsinaton titkos szavazással választják meg a zsinat lelkészi elnökét a négy püspök közül, illetve megválasztják a három lelkészi és világi jegyzőt. Az újonnan megválasztott tisztségviselők személyét a szavazatok megszámlálása után az ülésen nyilvánosságra hozzák, majd az eskütétel után azonnal elfoglalhatják helyüket.

A zsinat lelkészi elnöki pozícióját eddig Bölcskei Gusztáv tiszántúli püspök töltötte be. Bölcskei Gusztáv három cikluson keresztül kormányozta a Magyarországi Református Egyházat, melynek törvényei szerint többször nem választható. A zsinat lelkészi elnöki pozícióját bármelyik püspök betöltheti, aki vállalja a jelölést. Amennyiben mind a négyen igent mondanak a jelölésre, Csomós József tiszáninneni, Fekete Károly tiszántúli, Steinbach József dunántúli és Szabó István dunamelléki püspök közül választja meg a közgyűlés az új egyházkormányzót. 

Az elmúlt hat esztendőben Huszár Pál, a Dunántúli Református Egyházkerület főgondnoka töltötte be a világi elnök, Csomós József a lelkészi alelnök, Ábrám Tibor tiszáninneni főgondnok pedig a világi alelnöki posztot.

A Magyarországi Református Egyházban hatévente tartanak közegyházi választásokat. Az elmúlt év végén a Dunamelléki Református Egyházkerület élére harmadszor választották meg Szabó Istvánt, szintén harmadik ciklusát tölti Csomós József tiszáninneni püspök. Dunántúlon másodszor is püspökké választották Steinbach Józsefet, míg a legnagyobb egyházkerületben, Tiszántúlon új püspök, Fekete Károly kezdte meg szolgálatát.