Az ébredéstörténet tárgyalása után láthatjuk, hogy a C. E. Bethániának (és más hasonló egyleteknek is) egészen érdekes volt a viszonya a Református Egyházzal. A II. világháború után az egyház is észlelte, hogy hitben mennyire elsekélyesedett, elvilágiasodott az Isten népe. Az egyháznak nem az a célja, hogy egy társadalmi kulturális intézmény legyen, hanem az, hogy missziót, a küldetését beteljesítse. Ravasz László 1945 őszén így írt: "Az egyháznak szakadatlanul reformálnia kell önmagát. "(31. 18. o.), "Szabad egyház leszünk egy szabad államban, másodosztályú államegyházzá változunk-e, hitvalló egyház leszünk egy ellenséges világban? Mindez attól függ, milyen értékeket tulajdonít nekünk az állam." (31, 47. o.)

Gyökeres és mély változásokra vágynak, de ezt nem mindenki egyformán értelmezi és főképpen nem ugyanúgy próbálja megvalósítani. Több egyházi vezető az ébredésiek közül részt vesz a politikában. Azt, hogy ki hova tartozott akkor még nem igazán lehetett eldönteni. Még ma is nehéz, de talán könnyebb meghúzni az egyes csoportosulások határait. Az egyházon belül körülbelül három csoport körvonalazódott: " a konzervatív vezetés, az ébredés hívei és a (baloldali színezetű) politikai ambíciókkal (is) bíró ellenzék."(2, 22. o.) Kezdetben az első két csoport között voltak csak teológiai nézeteltérések, az egyházi vezetéshez ekkor még Ravasz László, Révész Imre, Makkai Sándor és Sebestyén Jenő tartozott, az ébredésiekről már beszéltünk. Sajnos ebbe a vitába a már későbbi ellenzék is bekapcsolódott, akik közül többen korábban az ébredés embereinek vallották magukat. Ezzel a teológiai kérdések politikai színezetet is kaptak, teret engedve annak, hogy az állam mindinkább kiterjessze a hatalmát az egyház felett. Az ellenzékhez Berczky Albertet, Békefi Benőt és Péter Jánost sorolhatnánk. A különböző csoportok egymás közt sem tudtak sokszor megegyezni. (Például Békefi és Bereczky között sokszor ellentét húzódott. )

A misszió értelmezése című fejezetben már tárgyaltuk, hogy Makkainak sajátos missziológiai értelmezése volt: a misszió gyülekezeti tevékenység, befelé irányul. Victor János szerint a hívők részéről a hitetlenek felé azaz kifelé irányul. A vita mögött több teológiai kérdés is húzódik, melyekre már kitértünk. Mind Makkai, konventi missziói előadó, mind Victor szerették volna az egyházból missziói egyházat valósítani. A különböző csoportosulások (Bethánia Egylet, Országos Református Szeretetszövetség, pogánymisszió, zsidómisszió) hatásait, megtérő emberek tömegeit szívesen látták. De egy kérdés továbbra is ott maradt előttük, amit Barth Károly egy nyilatkozatán válaszol a Magyar Református Ébredés című lapban: "Szabad- e egy egyházi csoportosulásnak egyházszakadás veszedelme védelme nélkül a nyilvánosság előtt kifejeznie olyan megállapításait és követeléseit amelyek túlmennek a hivatalos egyházi vezetőség véleménynyilvánításain? Szabad.".(31, 19. o.) Azonban egy ilyen csoportosulás teljes elkötelezettséget és odaadást kíván az egyháza felé.

Az egyház örök problémája, hogy gyanakodva tekint az ébredési mozgalmakra, képtelen ezeket a jelenségeket megfelelően kezelni. Ravasz László hőn áhított vágya volt, hogy a Református Egyház égisze alatt működjenek ezek a szervezetek, csoportosulások. "A népgyűlés megint kifejezésre jutatta a magyar református egyház egységét, azt az együttmunkálkodást, amely az egyház hivatalos vezetősége és a szabad evangéliumi mozgalmak között régtől fogva fennáll, s kisebb átmeneti bizalmi válságokat leszámítva meg is fog maradni ... Egyházunk minden vezetője érezze és higgye el, hogy azok a bibliakörök, szövetségek, evangéliumi közösségek, a felébredt hívek a maguk imádságaival és ezen keresztül munkálkodó isteni erőkkel ott állnak mögöttünk." (32, 2. o.)
Az, hogy milyen viszony lesz ezekkel a csoportokkal, egyletekkel, az egyházi vezetőktől függ. A C. E. Bethánia ismertetőjében azonban ez áll: "A szövetség mindenütt a helyi gyülekezet keretei között kíván elhelyezkedni. A C. E. Szövetség nem Isten országa, nem is az egyház, nem akar új felekezetté lenni sem."(8, 7. o.)
Az egyházi vezetők jobban a hatáskörük alá akarták vonni a Bethániát. Már említettük, hogy 1948. júliusában Sárospatakon megalakult az MM. Missziói munkaágakat határoztak meg, céljuk az volt, hogy gyülekezetivé legyen minden munkaág és az egyházon belül valósuljon meg. Révész Imre 1947-es püspöki levelében megköszöni a Bethániának, hogy bekapcsolódott a gyülekezeti missziói munkába. Az egyház is élő gyülekezetet akart kialakítani. Közös volt az ügy, acél, azonban mégsem ment a szolgálat zökkenőmentesen . "Egylettel arról folyt a vita, hogy ki az illetékes a gyülekezeti missziói munka végzésére? Az ébredésiek vagy a lelkipásztorok, esetleg a presbiterek is, akik talán nem végezték? (31, 105. o.) Ez a féltékenység, rivalizálás bomlasztotta az ébredés folytonosságát. Szikszai Béni így írt a kéziratában erről a furcsa viszonyról: "Az ébredés mindig különbet akart és ezt az egyház mindig C dúrban értette. Különcnek mondta." (1, 105. o.) Szikszai Béni szerint nem tanbeli különbségek választották el az egyletet a népegyháztól, hanem élvonalbeli, olyan bibliai igazságok felismerése, mint például: megtérés, újjászületés, evangelizáció felismerése és hirdetése, melyek a Református Egyházban idővel elhalkultak.

Szükséges beszélnünk az ellenzék képviselőiről is. A baloldali érzelmű Bereczky Albert, 1948-tól a dunamelléki egyházkerület püspöke volt a legfőbb képviselőjük. Ő volt az, aki teológusként pajtát rendezett be az otthontalanoknak és kocsmamissziót végezett. A teológián az a hír járt róla, aki a szegényekkel és nyomorultakkal lelki dolgokról mindig "ráért" beszélgetni. Az ébredésiek közül került ki, de későbbi cselekedetei szembeállítják az ébredésiekkel. "Bereczky? Őt nehéz megítélni. Nehéz különösen most...Bereczky állandóan befolyás alatt cselekedett és ez igen gyakran nem a Szentlélek befolyása volt...Ami munkájának gyümölcsét illeti, mindenki előtt nyilvánvaló, hogy a misszió megszűnése az ő uralkodásának az idejére esik." (1, 186-187. o.) Kezdetben az ébredés embere volt, de sajnos a befolyásosság, a püspöki önkényesség és a kommunizmussal való együttműködés megváltoztatta az ébredéshez való hozzáállását. "Gyakran elégedetlen a saját hazájával, mivel az nem igazán hajlik az új társadalmi fejlődés támogatására. Bereczky inkább keresi azok kapcsolatát, akik ugyan nem a Biblia tanítása szerint élnek, de véleménye szerint "egyenes" emberek." (2, 23. o.) "Bereczky értelmezésében az egyház prófétai szolgálata nem végezhető semmiféle nyilvános tiltakozással, mivel az egyház nem áll szemben olyan totális uralommal, a tiltakozás segíthet- ezt csak a hamis próféták gyakorolják- , akik nem a nép javát nézik, hanem a saját népszerűségüket." (31, 184. o.) Ravasz ezzel szemben azt állítja, hogy mindig meg kell vizsgálni, hogy az államvezetés megfelel- e Isten törvényeinek.
Az ellenzék köreihez tartozott még Békefi Benő, nyíregyházi lelkész, aki szintén az ébredésiek közül került ki. Mi sem bizonyítja jobban, hogy ő is szomjúhozta az ébredést, mint egy 1946-os májusi cikke: "Szentlélek által való újjászületésnek és szolgálatba való állításának következménye népi ébredés kell, hogy legyen." (33, 1. o.) Az ébredés éveinek leginkább az 1946-47és 48-as esztendőt tekinthetjük. Ezzel szemben Békefi úgy ír, mintha észre sem venné az ébredés jeleit vagy azt, hogy mi történt körülötte. "Nem lesz magyar lelki ébredés, mert a hozzá fűződő reménység emberekben való bizodalommá lett ... Nem lesz magyar ébredés, mert Úristenek erre vonatkozó idéglenes ígéreteiből, ebből a nagyon szent látomásból emberi program lett ... Nem lesz magyar ébredés, mert nem csináltuk meg a kiszabott kegyelmi időben, ma azt, amit Isten a mi dolgunkká tett ... Nem vállaltuk a szeretet, se egymás iránt a lelki egységben jóval való fizetésben és a misszióban . Isten a feltételt nem engedheti el. A mi dolgunkat ő nem csinálja meg. Őt nem lehet becsapni. Ezért nem lesz most magyar lelki ébredés. (34, 3. o.) Békefi 1946 júniusában így írt az ébredés útonállóiról: "ezek azok a régi hívők, akik mindig Krisztusról beszélnek, de nincs bátorságuk ahhoz, hogy hitük gyakorlati konzekvenciait az életbe átültessék..." (35, 4. o.) Kezdetben ő is lelkes híve volt az ébredésnek, de később "útonállóknak" tartotta az ébredésieket is, akik elfordultak a népegyháztól. Békefi reformátust és gyülekezetit akart, a Bethánia felekezetközi és közösségi volt. Azonban nem szabad elfelejtenünk, hogy az ellentétek mögött sokszor nemcsak a teológiai meggyőződés vagy hitbeli különbözőség állt, hanem lehetett személyes emberi ellentét, a gyarló emberi természet vadhajtása is. Miért kapták vajon bethániások a sokszor szektás megbélyegzést? "Egyház-ellenesség, szakadás, szektásság vádjai hangoztak felénk. Kiváltképpen dr. Pákozdy László tüzelt ellenünk ... A helyzetet dr. Victor János mentette meg."(1, 200. o.) 1948-ben létrejött a megegyezés ( ld.: 31. o.) és úgy tűnt, hogy a korábbi feszültségek megoldódtak. Azonban 1950-ben az állam úgy dönt, hogy az egyházi jellegű egyesületeket totálisan fel kell számolni. Az egyház már 1948-tól a szolgáló egyház teológiájára lépett, ami csak az 50-es években teljesedett ki.
Teher alatt nő a pálma. Körülbelül így lehetne jellemezni a Bethánia tevékenységét. Kétségtelenül nehéz lehetett abban a korszakban az egyházi vezetőknek dönteni, és az Ige fényében cselekedni. A vitákból, ellentétekből, összetűzésekből kitűnik, hogy Isten népe milyen sokszínű látásmóddal rendelkezik. Nehéz a különböző szituációkban megítélni, hogy mi a jó, mi az Istennek tetsző és szüntelen leküzdenünk óemberünket. Talán ez a keresztyén ember mindig aktuális problémája, harca. Komoly odaszánás és Isten akaratának szüntelen kutatása szükséges. Volt ébredés, Isten felhasználta a Bethániát eszközéül, Ő görgette el az akadályokat is.